Wiblishauser begann seine Karriere bei seinem Heimatverein FC Memmingen, bevor er 1994 zur Jugendmannschaft des FC Bayern München wechselte. Ein Jahr später wurde er in die Reservemannschaft befördert und spielte fünf Jahre in der Regionalliga Süd. Ab 1996 gehörte er auch zum Kader der ersten Mannschaft von Bayern, kam jedoch nie in einem Pflichtspiel zum Einsatz. Im Jahr 2000 wechselte er zu 1. FC Nürnberg, wo er fünf Jahre verbrachte und in dieser Zeit zwei Aufstiege und zwei Abstiege zwischen der 2. Bundesliga und der Bundesliga erlebte. Seine Zeit dort wurde jedoch von Verletzungen überschattet, sodass er nur 76 Spiele absolvieren konnte.
Kurz nach Beginn der Saison 2005–06 zog es Wiblishauser in die Schweiz, wo er einen Vertrag beim FC St. Gallen unterschrieb. Ein Jahr später kehrte er nach Deutschland zurück und unterschrieb bei TuS Koblenz, wo er bis 2010 blieb, bevor er freigestellt wurde und seine Karriere beendete.
